เห็ดรากลายเป็นวิทยาศาสตร์ที่เป็นระบบหลังจากการพัฒนากล้องจุลทรรศน์ในศตวรรษที่ 17 แม้ว่าสปอร์ของเชื้อราจะถูกพบเป็นครั้งแรกโดยGiambattista della Porta ในปี ค.ศ. 1588 งาน น้ำเชื้อในการพัฒนาเห็ดราถือเป็นการตีพิมพ์ ผลงาน Nova plantarum genera ในปี 1729 ของPier Antonio Micheli Micheli ไม่เพียงแต่สังเกตสปอร์เท่านั้น แต่ยังแสดงให้เห็นว่าภายใต้สภาวะที่เหมาะสม พวกมันสามารถถูกชักนำให้เติบโตเป็นเชื้อราชนิดเดียวกันกับที่มันเกิดขึ้น ขยายการใช้ระบบการตั้งชื่อแบบทวินามที่แนะนำโดยCarl LinnaeusในPlantarum Species ของเขา(พ.ศ. 2396) ชาวดัตช์คริสเตียน เฮนดริก เพอร์ซูน (พ.ศ. 2304-2379) ได้กำหนดประเภทของเห็ดขึ้นเป็นครั้งแรกด้วยทักษะที่ถือว่าเป็นผู้ก่อตั้งเห็ดวิทยาสมัยใหม่ ต่อมาElias Magnus Fries (พ.ศ. 2337-2421) ได้อธิบายเพิ่มเติมเกี่ยวกับการจำแนก เชื้อรา โดยใช้สีของสปอร์และลักษณะทางจุลทรรศน์ วิธีการที่นักอนุกรมวิธานยังคงใช้อยู่ในปัจจุบัน ผู้มีส่วนร่วมในยุคแรกๆ ที่โดดเด่นคนอื่นๆ ต่อวิทยาเห็ดในศตวรรษที่ 17-19 และต้นศตวรรษที่ 20 ได้แก่Miles Joseph Berkeley , August Carl Joseph Corda , Anton de Bary , พี่น้องLouis RenéและCharles Tulasne , Arthur HR Buller , Curtis G. Lloydและปิเอร์ อันเดรีย แซกคาร์โด ในศตวรรษที่ 20 และ 21 ความก้าวหน้าทางชีวเคมีพันธุ ศาสตร์ อณูชีววิทยาเทคโนโลยีชีวภาพการหาลำดับดีเอ็นเอและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการได้ให้ข้อมูลเชิงลึกใหม่เกี่ยวกับความสัมพันธ์ของเชื้อราและความหลากหลาย ทางชีวภาพ และได้ท้าทายการจัดกลุ่มตามสัณฐานวิทยาแบบดั้งเดิมในการจัดอนุกรม วิธานของเชื้อรา