ขีปนาวุธขับเคลื่อนด้วยเครื่องยนต์ โดยทั่วไปจะเป็นเครื่องยนต์จรวดหรือเครื่องยนต์ไอพ่น จรวดโดยทั่วไปเป็น ประเภท ขับเคลื่อนด้วยของแข็ง เพื่อความสะดวกในการบำรุงรักษาและการติดตั้งที่ รวดเร็วแม้ว่าขีปนาวุธขนาดใหญ่บางรุ่นจะใช้จรวดขับเคลื่อนด้วยของเหลว โดยทั่วไปแล้วเครื่องยนต์ไอพ่นจะใช้ใน ขีปนาวุธ ร่อนซึ่งส่วนใหญ่เป็น ประเภท เทอร์โบเจ็ตเนื่องจากความเรียบง่ายสัมพัทธ์และพื้นที่ส่วนหน้าต่ำ Turbofansและramjetsเป็นเพียงรูปแบบอื่นๆ ทั่วไปของการขับเคลื่อนเครื่องยนต์ไอพ่น แม้ว่าในทางทฤษฎีจะสามารถใช้เครื่องยนต์ประเภทใดก็ได้ก็ตาม ขีปนาวุธพิสัยไกลอาจมีหลายขั้นตอนของเครื่องยนต์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในขีปนาวุธที่ยิงจากพื้นผิว ขั้นตอนเหล่านี้อาจเป็นประเภทเดียวกันทั้งหมดหรืออาจรวมถึงประเภทเครื่องยนต์ผสมกัน ตัวอย่างเช่น ขีปนาวุธร่อนแบบปล่อยพื้นผิวมักมีตัวเสริมจรวดสำหรับการยิง และเครื่องยนต์ไอพ่นสำหรับการบินต่อเนื่อง ขีปนาวุธบางชนิดอาจมีแรงขับเพิ่มเติมจากแหล่งอื่นเมื่อปล่อย ตัวอย่างเช่นV1ถูกยิงด้วยหนังสติ๊ก และMGM-51 Shillelaghถูกยิงออกจากปืนรถถัง (ใช้ประจุน้อยกว่าที่จะใช้กับกระสุน)